milan米兰体育 过去 20 年来影响越南养殖条纹鲶鱼 (Pangasianodon Hyphaphamus) 的爱德华氏菌 (Edwardsiella ictaluri) 的基因组多样性和进化模式

引用

Payne CJ、Phuong VH、Phuoc NN、Dung TT、Phuoc LH 和 Crumlish M (2025) 鲶鱼爱德华氏菌的基因组多样性和进化模式影响越南养殖条纹鲶鱼 (Pangasianodonhypophamus) 20 年来。微生物基因组学，11 (2)。 https://doi.org/10.1099/mgen.0.001368

摘要
鲶鱼爱德华氏菌 (Edwardsiella ictaluri) 继续对越南条纹鲶鱼 (Pangasianodonhyphaphamus) 的健康和生产构成重大风险。虽然基因组测序的最新进展使人们能够深入了解这种重要鱼类病原体的全球基因组多样性，但缺乏对随着时间推移恢复的越南分离株的全基因组分析。在这项研究中，我们使用全基因组测序方法比较了 20 年（2001-2021 年）内回收的 31 个鲫鱼分离株的基因组，并进行了比较基因组分析，以探索基因组多样性、种群结构以及驱动发病机制和抗菌素耐药性的机制的时间变化。我们的研究结果揭示了一个开放的泛基因组，包含 4148 个基因和一个核心基因组（3060 个基因），占基因组的三分之二以上。此外，我们发现基因组测序可分为两个不同的谱系，并估计这些谱系在越南的祖先起源可以追溯到 20 世纪 50 年代。质粒在越南鲫鱼中非常普遍，分离株的基因组中含有多达四个质粒。此外，在整个基因组集合中检测到九种不同的质粒类型，观察到了多样化的移动组。对假定质粒的探索揭示了针对越南水产养殖中使用的关键抗生素的多种抗菌素抗性基因（ARG）以及与蛋白质分泌系统相关的毒力基因。相关分析显示，基因组中检测到的 ARG 总数随着分离株恢复时间的增加而增加。虽然毒力基因的数量保持相对稳定，但与运动性和免疫系统调节相关的几种毒力因子却出现了时间变化。这项研究的结果强调需要持续进行基因组监测，以监测抗菌素耐药性和发病机制的变化，以帮助制定疾病控制和管理策略。

关键字
抗菌素耐药性；鲶鱼爱德华氏菌；基因组；下眼鲶鱼；系统基因组学；毒力

期刊
微生物基因组学：第 11 卷，第 2 期

• 20 年来影响越南养殖条纹鲶鱼 (Pangasianodon Hyphaphamus) 的爱德华氏菌 (Edwardsiella ictaluri) 的基因组多样性和进化模式