米兰体育官网 养殖场和水族馆环境中虹鳟 Oncorhynchus mykiss 远端肠道微生物组的系统发育和功能特征

引用

Lyons P、Turnbull J、Dawson KA 和 Crumlish M (2017) 养殖场和水族馆环境中虹鳟 Oncorhynchus mykiss 远端肠道微生物组的系统发育和功能特征。应用微生物学杂志，122 (2)，第 347-363 页。 https://doi.org/10.1111/jam.13347

摘要
目标  这项研究的重点是比较来自农场和水族馆环境的虹鳟鱼肠道微生物组的系统发育组成和功能潜力。  方法和结果  从鱼身上采集远端肠道内容物样本，并进行高通量 16S rRNA 测序，以准确确定肠道微生物组的组成。从两组中鉴定出的主要门是软壁菌门、厚壁菌门、变形菌门、螺旋毛菌门和拟杆菌门。一种新颖的宏基因组工具 PICRUSt 用于确定虹鳟鱼肠道中细菌群落的功能潜力。所有鱼类样本的肠道微生物组中，与膜转运活性相关的途径占主导地位。此外，该分析表明，与代谢相关的基因途径，特别是氨基酸和碳水化合物代谢，在虹鳟鱼肠道微生物组中上调。  结论  结果表明，无论鱼位于何处，养殖虹鳟鱼的肠道微生物组结构都可能相似，因此可能受到宿主因素的影响。然而，两种鱼类肠道内的微生物群落成员存在差异，这表明更多的零星类群可能是每个环境所特有的，并且可能具有在虹鳟鱼胃肠道中定殖的能力。最后，功能分析提供的证据表明，虹鳟鱼的微生物组含有可能有助于膳食成分代谢的基因，因此可能会积极影响这些鱼的消化过程。  研究的意义和影响  为了更好地了解和利用肠道微生物组及其对鱼类健康的影响，确定其结构、多样性和潜在功能至关重要。这项研究提高了我们对这些领域的认识，并表明虹鳟鱼的肠道微生物群可能在这些鱼的消化生理学中发挥重要作用。

关键字
水产养殖；多样性;肠道微生物学；代谢;宏基因组学

期刊
应用微生物学杂志：第 122 卷，第 2 期

• JAM-2016-1811.R1.pdf