milan米兰体育官网 利用下一代测序 (NGS) 探索养殖虹鳟 Oncorhynchus mykiss (Walbaum) 远端肠腔和粘膜的微生物多样性

引用

Lyons P、Turnbull J、Dawson KA 和 Crumlish M (2017) 使用下一代测序 (NGS) 探索养殖虹鳟 Oncorhynchus mykiss (Walbaum) 远端肠腔和粘膜的微生物多样性。水产养殖研究，48 (1)，第 77-91 页。 https://doi.org/10.1111/are.12863

摘要
在本研究中，使用下一代测序 (NGS) 来调查养殖虹鳟鱼远端肠腔和粘膜上皮的 16S rRNA 核糖核酸类型。这种方法产生了一个由 2979715 个质量过滤的配对序列组成的文库，使用核糖体数据库项目 (RDP) 分配到分类学的属级别。这两个地区都观察到了高度的多样性。在所有取样的鱼的内腔中总共鉴定出了 90 个细菌属，而粘膜中则有 159 个细菌属。异地微生物区系以属于 γ 变形菌门的序列为主（平均序列丰度为 54.3%），特别是肠杆菌科，其中耶尔森氏菌属、沙雷氏菌属、哈夫氏菌属和奥贝森杆菌属最为丰富。粘膜中存在较少的 γ 变形菌门（平均序列丰度 37%），本地群落由更均匀的细菌类别组成，β 变形菌门（平均序列丰度 18.4%）和芽孢杆菌（平均序列丰度 16.8%）成员的序列增加。粘膜中记录的主要细菌属是鲸杆菌属、耶尔森氏菌属、拉尔斯顿氏菌属、哈夫氏菌属和肉杆菌属。这项研究的结果表明，管腔和粘膜细菌群落的结构可能有所不同，虹鳟鱼的粘膜微生物群落可能比以前的研究表明的更加多样化。这项研究还证明了取样的个体鱼之间细菌属的一定程度的保守性，据作者所知，这是 MiSeq® NGS 平台首次用于探索虹鳟鱼肠道微生物群。

关键字
水产养殖；细菌;肠道微生物区系；虹鳟鱼； 16S rRNA测序

期刊
水产养殖研究：第 48 卷，第 1 期