milan米兰体育 大西洋鲑 (Salmo salar) 基因组高密度 SNP 连锁图的构建和注释

引用

Tsai HY、Robledo D、Lowe NR、Bekaert M、Taggart JB、Bron J 和 Houston RD (2016) 大西洋鲑鱼 (Salmo salar) 基因组高密度 SNP 连锁图的构建和注释。G3：基因基因组遗传学，6 (7)，第 2173-2179 页。 https://doi.org/10.1534/g3.116.029009

摘要
背景：高密度连锁图谱是精细绘制数量性状位点图谱和表征物种基因组重组景观的有用工具。大西洋鲑鱼 (Salmo salar) 的基因组资源包括组装良好的参考基因组和高密度 SNP 阵列。我们的目标是创建高密度连锁图，并将其与参考基因组组装对齐。  结果：使用包含来自 60 个核心科的 622 条鱼的纯系种群，对 29 个鲑鱼连锁群上超过 96 K 的 SNP 进行了定位和排序，所有这些均使用“ssalar01”高密度 SNP 阵列进行了基因分型。每组的 SNP 数量与物理染色体长度呈高度正相关 (r = 0.95)。虽然遗传图谱和物理图谱上的标记顺序大体一致，但仍发现了差异区域。使用连锁图谱将先前未映射的参考基因组序列的大约 6.5% 分配给染色体。在绝大多数基因组中，男性重组率低于女性，但在亚端粒区域有一个显着的峰值。最后，使用 RNA-Seq 数据注释参考基因组，映射的 SNP 根据其预测功能进行分类，包括约 2.5 K 假定非同义变异的注释。  结论：任何鲑鱼物种的最高密度 SNP 连锁图谱已经创建、注释，并与大西洋鲑鱼参考基因组组装集成。这张图突出显示了鲑鱼明显的异源性，并为鲑鱼遗传学和基因组学研究提供了有用的资源 36。

关键字
鲑鱼； RNA测序； SNP 阵列；连锁图；重组

期刊
G3：基因基因组遗传学：第 6 卷，第 7 期

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