米兰体育app下载 大西洋鲑鱼 (Salmo salar) 高密度 SNP 基因分型芯片的开发和验证

引用

Houston RD、Taggart J、Cezard T、Bekaert M、Lowe NR、Downing A、Talbot RT、Bishop SC、Archibald AL、Bron J、Penman D、Davassi A、Brew F、Tinch AE、Gharbi K 和 Hamilton A (2014) 大西洋鲑鱼高密度 SNP 基因分型阵列的开发和验证 （鲑鱼）。BMC 基因组学，15 (1)，艺术。编号：90。https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-90

摘要
背景密集单核苷酸多态性 (SNP) 基因分型芯片提供有关感兴趣物种基因组中多态性变异的广泛信息。这些信息可用于研究数量性状的遗传结构，并提高育种计划中选择的准确性。在大西洋鲑鱼 (Salmo salar) 中，这些目标目前因缺乏高密度 SNP 基因分型平台而受到阻碍。因此，本研究的目的是开发和测试密集的大西洋鲑鱼 SNP 阵列。 结果SNP 发现是通过对源自养殖和野生大西洋鲑鱼样本 (n = 283) 的简化表达 (RR-Seq)、限制性位点相关 DNA (RAD-Seq) 和 mRNA (RNA-Seq) 文库进行广泛深度测序进行的，从而发现了 > 400 K 的推定 SNP。创建 Affymetrix Axiom® myDesign 定制芯片并在野生和养殖动物样本 (n = 96) 上进行测试，结果显示总共 132,033 个多态性 SNP，具有高检出率、芯片上良好的簇分离以及样本中稳定的孟德尔遗传。这些 SNP 中至少 38% 来自转录基因组区域，因此更有可能包含功能变异。利用鲑鱼中缺乏雄性重组的连锁分析可以绘制分布在所有 29 对染色体上的 40,214 个 SNP，突出显示 SNP 广泛的全基因组覆盖范围。逐个状态的聚类分析表明，该阵列可以清楚地区分养殖和野生种群内不同来源的鱼类。最后，阵列中包含的 Y 染色体特异性探针可提供准确的性别分子遗传学测试。 结论本手稿描述了第一个针对大西洋鲑鱼的高密度 SNP 基因分型阵列。该阵列将向公众开放，并有可能用作高分辨率遗传学研究的平台，研究鲑鱼的进化和经济重要性特征，以及通过基因组选择用于水产养殖育种计划。

关键字
大西洋鲑鱼；鲑鱼；多态性；单核苷酸多态性，SNP；新一代测序；大批;基因组学；测绘；基因组复制

期刊
BMC Genomics：第 15 卷，第 1 期

• BMC_Genomics_2014_Houston.pdf