米兰体育官网登录 综合环境和基因组分析揭示了非洲本土鸡局部适应的驱动因素

引用

Gheyas AA、Vallejo-Trujillo A、Kebede A、Lozano-Jaramillo M、Dessie T、Smith J 和 Hanotte O (2021) 综合环境和基因组分析揭示了非洲本土鸡局部适应的驱动因素。分子生物学与进化，38 (10)，第 4268-4285 页。 https://doi.org/10.1093/molbev/msab156

摘要
适应气候变化的育种是目前可持续畜牧生产的一个重要目标。当地牲畜表现出的当地适应能力使我们能够研究这种恢复力的遗传控制。生态位模型（ENM）提供了一个强大的途径来识别选择的主要环境驱动因素。在这里，我们应用了一种将 ENM 与全基因组选择特征分析（XPEHH 和 Fst）和基因型-环境关联（冗余分析）相结合的综合方法，目的是确定非洲乡村鸡适应的基因组特征。通过剖析 25 个埃塞俄比亚村庄鸡群的生态系统中的 34 个农业气候变量，ENM 确定了环境挑战的六个关键驱动因素：一个温度变量与海拔密切相关，三个降水变量作为水可用性的代理，以及两个土壤/土地覆盖变量作为觅食鸡的食物可用性的代理。基于全基因组测序的基因组分析（n = 245）确定了一些受到高度支持的基因组区域，这些区域是针对与海拔、温度、水资源短缺和食物供应相关的环境挑战而选择的。这些区域包含多个基因簇，包括调节基因，表明环境适应的寡基因控制占主导地位。检测到的与热应激相关的候选基因很少，表明源自亚洲热带野生祖先的驯化物种可能存在耐热性的表观遗传调控。这些结果为鸡过去快速适应非洲多样化农业生态提供了可能的解释，同时也代表了气候适应能力可持续育种改进的新里程碑。我们表明，预先识别关键环境驱动因素，然后进行基因组研究，为阐明家畜的适应提供了一种强大的新方法。

关键字
当地环境适应；生态位建模；选择签名；基因型-环境关联；冗余分析；非洲土鸡

期刊
分子生物学与进化：第 38 卷，第 10 期

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