我的研究兴趣主要在于采用遗传和基因组方法来可持续改善农场动物物种的生产、健康和福利特性。我使用多种方法，包括跨学科方法来研究水产养殖和牲畜物种的气候适应能力、抗病性和生产绩效。通过多年的研究，我获得了多种技能，包括高通量基因组数据的生物信息学分析、定量遗传学、分子遗传学和景观基因组学。我是水产养殖研究所（IOA）的校友，在那里我进行了“微卫星标记在水产养殖鲤鱼遗传管理中的应用”的博士研究。获得博士学位后，我加入了爱丁堡大学罗斯林研究所，并在头三年担任一家鲑鱼育种公司 Landcatch Natural Selection Ltd.（目前属于 Hendrix Genetics）的知识转移合作伙伴 (KTP) 助理，在其大西洋鲑鱼种苗中应用标记辅助选择 IPN 抗性。从那时起，我开始研究其他物种，特别是家禽。我对水产养殖的研究包括热带和温带气候的物种，对促进发展中国家和发达国家的可持续水产养殖具有重要意义。在爱丁堡大学担任研究员近 12 年之后，我于 2022 年 4 月加入 IOA，担任讲师。我指导过几名博士生和硕士生成功完成学业，并欢迎新学生。
开发非洲鲶鱼水产养殖基因组资源，以改善尼日利亚的育种和遗传管理 PI：Almas Gheyas 博士资助方：创新英国 –
寻求水产饲料的可持续解决方案：在马拉维使用消费前废物中生长的活黄粉虫幼虫进行罗非鱼养殖 PI：阿米娜·莫斯博士资助方：创新英国 –
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淡水饲养对咸水性能的影响：大西洋鲑鱼 (Salmo salar) 基因型与环境相互作用的研究
Tollervey MJ、Agha S、Bekaert M、Gheyas AA、Houston RD、Doschl-Wilson A、Norris A、Migaud H、Gutierrez AP 和 Betancor MB (2026) 淡水饲养对咸水性能的影响：大西洋鲑鱼（Salmo salar）的基因型与环境相互作用研究。水产养殖，610，艺术。编号：742892。https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2025.742892
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葡萄牙牡蛎（Crassostrea angulata）壳生长、状况指数、壳和外套膜颜色的全基因组关联研究
Van Vu S、O’Connor W、Vu IV、Gondro C、Nguyen T、Kundu S、Woo K、Lee S、Khanh T、Nguyen T、Doan H、Htoo H 和 Gheyas A (2025) 葡萄牙牡蛎壳生长、状况指数、壳和外套膜颜色的全基因组关联研究 角形。国际水产养殖，33。https://doi.org/10.1007/s10499-025-02210-6
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葡萄牙牡蛎Crassostrea angulata经过六代选择后不同收获阶段的整体重量和成活率遗传参数
Vu IV, Boudry P, Vengatesen T, Gheyas AA, Khanh TD, Nguyen TM, Htoo H, Kim HW, Kundu S, Minh TTN, Trung DTT, Nguyen TTA, Thu LT, O’Connor W & Luu GTH (2025) 整体体重和存活率的遗传参数 经过六代选择后不同收获阶段的葡萄牙牡蛎Crassostrea angulata。国际水产养殖，33，艺术。编号：238。https://doi.org/10.1007/s10499-025-01925-w
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葡萄牙牡蛎 1 (Crassostrea angulata) 幼虫、幼体和成体的壳生长和存活的遗传参数
Le T, Boudry P, O'Connor W, Potts R, Gheyas AA, Htoo H, Nguyen T, Geist J, Vu IV, La TT, Cao G, Do HM, Khanh T, Dam AT & Nguyen AM (2025) 葡萄牙牡蛎 1（Crassostrea）壳生长和存活的遗传参数 angulata）幼虫、幼虫和成虫。国际水产养殖。 https://doi.org/10.1007/s10499-025-01875-3
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高密度连锁图谱和单核苷酸多态性与葡萄牙牡蛎 Crassostrea angulate 的整体重量、产肉率和壳形状的关联
Vu S、Kumar M、Rastas P、Boudry P、Gheyas A、Bean T、Nguyen M、Tran K、Geist J、Nguyen H、O’Connor W、Tran H、Le T、Cao G、Nguyen T 和 Vu I (2024) 高密度连锁图谱和单核苷酸多态性与总重量、产肉量和产肉率的关联 葡萄牙牡蛎（Crassostrea Angulate）的贝壳形状。国际水产养殖，32，p。 10109–10122。 https://doi.org/10.1007/s10499-024-01652-8
书籍章节
Norman R、Chivite Alcalde M、Bron J、Burke M、Crumlish M、Gheyas A、Little D、Malcorps W、Moss A、Newton R 和 Pounds A (2024) 全球水产养殖系统。见：亚历山大·P（编辑）农业和粮食系统百科全书。 3 版。爱思唯尔。 https://shop.elsevier.com/books/encyclopedia-of-agriculture-and-food-systems/alexander/978-0-443-15976-3
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尼日利亚本土鸡的基因组分析揭示了它们的遗传多样性和对热应激的适应
Rachman MP、Bamidele O、Dessie T、Smith J、Hanotte O 和 Gheyas AA (2024) 尼日利亚本土鸡的基因组分析揭示了它们的遗传多样性和对热应激的适应。科学报告，14，艺术。编号：2209。https://doi.org/10.1038/s41598-024-52569-4
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生态位建模作为识别提格雷（埃塞俄比亚）本土鸡候选生态型的工具
Gebru G、Belay G、Vallejo-Trujillo A、Dessie T、Gheyas A 和 Hanotte O (2022) 生态位建模作为识别提格雷（埃塞俄比亚）候选本土鸡生态型的工具。遗传学前沿，13，艺术。编号：968961。https://doi.org/10.3389/fgene.2022.968961
会议论文（已发布）
422。全基因组测序揭示了尼日利亚本土鸡的遗传多样性和热应激适应“社会 - 热带地区的遗传学”
Gheyas AA、Rachman M、Bamidele O、Dessie T、Smith J 和 Hanotte O (2022) 422. 在“社会 - 热带遗传学”中，全基因组测序揭示了尼日利亚本土鸡的遗传多样性和热应激适应能力。见：Veerkamp RF 和 de Haas Y（编辑）第十二届世界畜牧生产遗传学大会 (WCGALP) 会议记录。 WCGALP 2022，鹿特丹，2022 年 7 月 3 日至 2022 年 7 月 8 日。莱顿：布里尔，第 1757-1760 页。 https://doi.org/10.3920/9789086869404_023
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用于描述牲畜生态类型和探索环境基因组适应的生态位模型：埃塞俄比亚乡村鸡的例子
Vallejo-Trujillo A、Kebede A、Lozano-Jaramillo M、Dessie T、Smith J、Hanotte O 和 Gheyas A (2022) 用于描述牲畜生态类型和探索环境基因组适应的生态位模型：以埃塞俄比亚乡村鸡为例。生态学和进化的前沿，10，艺术。编号：866587。https://doi.org/10.3389/fevo.2022.866587
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Gheyas A、Vallejo-Trujillo A、Kebede A、Dessie T、Hanotte O 和 Smith J (2022) 234 只埃塞俄比亚本土非洲鸡的全基因组序列。科学数据，9 (1)，艺术。编号：53。https://doi.org/10.1038/s41597-022-01129-4
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研究品系中鸡干扰素信号通路基因的遗传变异显示出不同的病毒抗性
Mountford J、Gheyas A、Vervelde L 和 Smith J (2022) 研究品系中鸡干扰素信号通路基因的遗传变异显示出不同的病毒抗性。动物遗传学，53 (5)，第 640-656 页。 https://doi.org/10.1111/age.13233
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Smith J、Alfieri JM、Anthony N、Arensburger P、Athrey GN、Balacco J、Balic A、Bardou P、Barela P、Bigot Y、Blackmon H、Borodin PM、Carroll R、Casono MC 和 Gheyas AA (2022) 2022 年鸡基因和染色体第四份报告。细胞遗传学和基因组研究，162 (8-9)，第 405-528 页。 https://doi.org/10.1159/000529376
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Gheyas AA、Vallejo-Trujillo A、Kebede A、Lozano-Jaramillo M、Dessie T、Smith J 和 Hanotte O (2021) 综合环境和基因组分析揭示了非洲本土鸡局部适应的驱动因素。分子生物学与进化，38 (10)，第 4268-4285 页。 https://doi.org/10.1093/molbev/msab156
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鸟类集落刺激因子 1 受体 (CSF1R) 及其配体的功能进化
Hume DA、Gutowska‐Ding MW、Garcia‐Morales C、Kebede A、Bamidele O、Trujillo AV、Gheyas AA 和 Smith J (2020) 鸟类中集落刺激因子 1 受体 (CSF1R) 及其配体的功能进化。白细胞生物学杂志，107 (2)，第 237-250 页。 https://doi.org/10.1002/jlb.6ma0519-172r
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对兄弟姐妹交配后代的分析揭示了影响商品鸡免疫细胞转录组的调控变异
Freem L、Summers KM、Gheyas AA、Psifidi A、Boulton K、MacCallum A、Harne R、O’Dell J、Bush SJ 和 Hume DA (2019) 对兄弟姐妹交配后代的分析揭示了影响商品鸡免疫细胞转录组的监管变异。遗传学前沿，10，艺术。编号：1032。https://doi.org/10.3389/fgene.2019.01032
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Woodcock ME、Gheyas AA、Mason AS、Nandi S、Taylor L、Sherman A、Smith J、Burt DW、Hawken R 和 McGrew MJ (2019) 利用代孕宿主鸟类的基因工程不育来复兴稀有鸡品种。美国国家科学院院刊，116 (42)，第 20930-20937 页。 https://doi.org/10.1073/pnas.1906316116
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Boschiero C、Moreira GCM、Gheyas AA、Godoy TF、Gasparin G、Mariani PDSC、Paduan M、Cesar ASM、Ledur MC & Coutinho LL (2018) 肉鸡和蛋鸡品系选择下的遗传变异和推定区域的全基因组特征。BMC 基因组学，19（1），艺术。编号：83。https://doi.org/10.1186/s12864-018-4444-0
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Pengelly RJ、Gheyas AA、Kuo R、Mossotto E、Seaby EG、Burt DW、Ennis S 和 Collins A (2016) 商业鸡品种表现出高度不同的连锁不平衡模式。遗传，117 (5)，第 375-382 页。 https://doi.org/10.1038/hdy.2016.47
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SMITH J、GHEYAS A 和 BURT D (2016) 动物基因组学和家禽传染病抗性：-EN- -FR- La génomique Animale et la résistance aux maladies infectieuses chez les volailles -ES- Genómica 动物和抵抗力 a las enfermedades infecciosas en las aves de畜栏。世界动物卫生组织科学与技术评论，35 (1)，第 105-119 页。 https://doi.org/10.20506/rst.35.1.2421
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受传染性胰腺坏死病毒攻击的抗性和易感性大西洋鲑鱼鱼苗的基因表达比较揭示了免疫反应的显着差异
Robledo D、Taggart J、Ireland J、McAndrew B、Starkey W、Haley CS、Hamilton A、Guy DR、Mota-Velasco JC、Gheyas AA、Tinch AE、Verner-Jeffreys DW、Paley RK、Rimmer GSE、Tew IJ、Bishop SC、Bron J 和 Houston RD (2016) 基因 感染性胰腺坏死病毒攻击后，抗性和易感性大西洋鲑鱼鱼苗的表达比较显示出免疫反应的显着差异。BMC 基因组学，17，艺术。编号：279。https://doi.org/10.1186/s12864-016-2600-y
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Boschiero C、Gheyas AA、Ralph HK、Eory L、Paton B、Kuo R、Fulton J、Preisinger R、Kaiser P 和 Burt DW (2015) 现代蛋鸡基因组中小插入和缺失遗传变异的检测和表征。BMC 基因组学，16，艺术。编号：562。https://doi.org/10.1186/s12864-015-1711-1
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Schmid M、Smith J、Burt DW、Aken BL、Antin PB、Archibald AL、Ashwell C、Blackshear PJ、Boschiero C、Brown CT、Burgess SC、Cheng HH、Chow W、Coble DJ、Cooksey A、Crooijmans RP、Damas J、Davis RV、de Koning D、Delany ME、Derrien T、 Desta TT、Dunn IC、Dunn M、Ellegren H、Eöry L、Erb I、Farré M、Fasold M、Fleming D、Flicek P、Fowler KE、Frésard L、Froman DP、Garceau V、Gardner PP、Gheyas AA、Griffin DK、Groenen MA、Haaf T、Hanotte O、Hart A、Häsler J、Hedges SB、Hertel J、Howe K、Hubbard A、Hume DA、Kaiser P、Kedra D、Kemp SJ、Klopp C、Kniel KE、Kuo R、Lagarrigue S、Lamont SJ、Larkin DM、Lawal RA、Markland SM、McCarthy F、McCormack HA、McPherson MC、Motegi A、Muljo SA、Münsterberg A、 Nag R, Nanda I, Neuberger M, Nitsche A, Notredame C, Noyes H, O'Connor R, O'Hare EA, Oler AJ, Ommeh SC, Pais H, Persia M, Pitel F, Preeyanon L, Prieto Barja P, Pritchett EM, Rhoads DD, Robinson CM, Romanov MN, Rothschild M, Roux P, Schmidt CJ, Schneider A, Schwartz MG, Searle SM, Skinner MA, Smith CA, Stadler PF, Steeves TE, Steinlein C, Sun L, Takata M, Ulitsky I, Wang Q, Wang Y, Warren WC, Wood JM, Wragg D & Zhou H (2015) 第三份鸡基因和染色体报告 2015.细胞遗传学和基因组研究，145 (2)，第 78-179 页。 https://doi.org/10.1159/000430927
文章
Gheyas AA、Boschiero C、Eory L、Ralph H、Kuo R、Woolliams JA 和 Burt DW (2015) 从不同鸡群中检测到的 1500 万个 SNP 的功能分类。DNA 研究，22 (3)，第 205-217 页。 https://doi.org/10.1093/dnares/dsv005
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鸡 2 号染色体 QTL 区域中与肌肉沉积相关的 SNP 和 INDEL 检测
Godoy TF、Moreira GCM、Boschiero C、Gheyas AA、Gasparin G、Paduan M、Andrade SCS、Montenegro H、Burt DW、Ledur MC & Coutinho LL (2015) 鸡 2 号染色体上与肌肉沉积相关的 QTL 区域的 SNP 和 INDEL 检测。动物遗传学，46 (2)，第 158-163 页。 https://doi.org/10.1111/age.12271
文章
Moreira GCM、Godoy TF、Boschiero C、Gheyas A、Gasparin G、Andrade SCS、Paduan M、Montenegro H、Burt DW、Ledur MC & Coutinho LL (2015) 与鸡肥胖相关的 3 号染色体 QTL 区域的变异发现。动物遗传学，46 (2)，第 141-147 页。 https://doi.org/10.1111/age.12263
文章
Kranis A, Gheyas AA, Boschiero C, Turner F, Yu L, Smith S, Talbot R, Pirani A, Brew F, Kaiser P, Hocking PM, Fife M, Salmon N, Fulton J & Strom TM (2013) 开发高密度 600K SNP 鸡基因分型芯片。BMC 基因组学，14 (1)，艺术。编号：59。https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-59
文章
Gheyas AA 和 Burt DW (2013) 用于鸡遗传和基因组研究的微阵列资源：综述。起源，51 (5)，第 337-356 页。 https://doi.org/10.1002/dvg.22387
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用于显着选择性扫描的高分辨率全基因组扫描：蛋鸡汇集序列数据的应用
Qanbari S、Strom TM、Haberer G、Weigend S、Gheyas AA、Turner F、Burt DW、Preisinger R、Gianola D 和 Simianer H (2012) 用于显着选择性扫描的高分辨率全基因组扫描：蛋鸡汇集序列数据的应用。公共图书馆一号，7（11），艺术。编号：e49525。 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0049525
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影响 IPN 抗性的主要 QTL 对大西洋鲑鱼生产性状的影响：IPN-QTL 对生产性状的影响
Gheyas AA、Haley CS、Guy DR、Hamilton A、Tinch AE、Mota-Velasco JC 和 Woolliams JA (2010) 影响大西洋鲑鱼 IPN 抗性的主要 QTL 对生产性状的影响：IPN-QTL 对生产性状的影响。动物遗传学，41 (6)，第 666-668 页。 https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2010.02051.x
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大西洋鲑 (Salmo salar) 早期生命周期中传染性胰腺坏死抗性 QTL 的分离：IPN 抗性 QTL 的分离
Gheyas AA、Houston RD、Mota-Velasco JC、Guy DR、Tinch AE、Haley CS 和 Woolliams JA (2010) 大西洋鲑鱼 (Salmo salar) 早期生命周期中传染性胰腺坏死抗性 QTL 的分离：IPN 抗性 QTL 的分离。动物遗传学，41 (5)，第 531-536 页。 https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2010.02032.x
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大西洋鲑鱼苗对淡水传染性胰腺坏死的易感性很大程度上是由一个主要的 QTL 来解释的
Houston RD、Haley CS、Hamilton A、Guy DR、Mota-Velasco JC、Gheyas AA、Tinch AE、Taggart J、Bron J、Starkey W、McAndrew B、Verner-Jeffreys DW、Paley RK、Tew IJ 和 Bishop SC (2010) 大西洋鲑鱼苗对淡水传染病的敏感性 胰腺坏死很大程度上是由一个主要的 QTL 来解释的。遗传，105 (3)，第 318-327 页。 https://doi.org/10.1038/hdy.2009.171
文章
Gheyas AA、Woolliams JA、Taggart J、Sattar MA、Das TK、McAndrew B 和 Penman D (2009) 使用基于微卫星的亲缘分配对鲢鱼收获性状进行遗传力估计。水产养殖，294 (3-4)，第 187-193 页。 http://www.sciencedirect.com/science/journal/00448486； https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2009.06.013
书籍章节
检测并确认影响大西洋鲑鱼 (Salmo Salar) 传染性胰腺坏死 (IPN) 抗性的主要 QTL
Houston RD、Gheyas AA、Hamilton A、Guy DR、Tinch AE、Taggart J、McAndrew B、Haley CS 和 Bishop SC (2008) 检测和确认影响大西洋鲑鱼 (Salmo Salar) 传染性胰腺坏死 (IPN) 抗性的主要 QTL。见：Pinard M、Gay C、Patoret P 和 Dodet B（编辑）用于动物健康的动物基因组学：法国巴黎，2007 年 10 月 25 日至 27 日。生物制品的发展，132。巴塞尔：Karger，第 199-204 页。 http://content.karger.com/ProdukteDB/produkte.asp?doi=10.1159/000317160； https://doi.org/10.1159/000317160
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Gheyas AA、Cairney M、Gilmour AE、Sattar MA、Das TK、McAndrew B、Penman D 和 Taggart J (2006) 鲢鱼微卫星位点的表征以及其他鲤鱼物种的交叉扩增。分子生态学笔记，6 (3)，第 656-659 页。 https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2006.01288.x
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盖亚斯 A (2006)微卫星标记在水产养殖鲤鱼遗传管理中的应用。哲学博士。milan米兰体育。
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利用 DNA 微卫星位点检测孟加拉国孵化亲鱼中的中国鲤鱼品种（鲢鱼和鲫鱼）之间的杂交
Mia MY, Taggart J, Gilmour AE, Gheyas AA, Das TK, Kohinoor AHM, Rahman MA, Sattar MA, Hussain MG, Mazid MA, Penman D & McAndrew B (2005) 孵化场中中国鲤鱼品种（鲢鱼和鲫鱼）杂交的检测 孟加拉国亲鱼，使用 DNA 微卫星位点。水产养殖，247 (1-4)，第 267-273 页。 https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2005.02.018
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刺鲶鱼雌核、三倍体、单倍体和正常二倍体胚胎胚胎发育的比较研究
Gheyas AA、Islam MS、Mollah MFA 和 Hussain MG (2002) 刺鲶鱼 Heteropneustes foamis 雌核、三倍体、单倍体和正常二倍体胚胎发育的比较研究。孟加拉国渔业研究杂志，6 (2)，第 107-115 页。
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Gheyas AA、Mollah MFA 和 Hussain MG (2001) 使用冷休克诱导刺鲶鱼 Heteropneustes 化石的三倍体。亚洲渔业科学，14 (3)，第 323-332 页。 https://doi.org/10.33997/j.afs.2001.14.3.009
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冷休克诱导刺鲶鱼（Heteropneustes foamis）二倍体雌核发育
Gheyas AA、Mollah MFA、Islam MS 和 Hussain MG (2001) 刺鲶鱼、Heteropneustes foamis 中二倍体雌核发育的冷休克诱导。应用水产养殖杂志，11 (4)，第 27-40 页。 https://doi.org/10.1300/j028v11n04_03
