米兰体育 对兄弟姐妹交配后代的分析揭示了影响商品鸡免疫细胞转录组的调控变异

引用

Freem L、Summers KM、Gheyas AA、Psifidi A、Boulton K、MacCallum A、Harne R、O’Dell J、Bush SJ 和 Hume DA (2019) 对兄弟姐妹交配后代的分析揭示了影响商品鸡免疫细胞转录组的监管变异。遗传学前沿，10，艺术。编号：1032。https://doi.org/10.3389/fgene.2019.01032

摘要
人们越来越认识到，导致复杂性状的潜在遗传变异会影响转录调控，并且可以在群体水平上作为表达数量性状基因座进行检测。在个体水平上，可以通过测量 RNAseq 数据中的等位基因特异性表达来检测个体基因转录调控的等位基因变异。我们推断，基因表达的极端变异可以通过分析与共享祖父母的近交后代来识别。商品鸡的生产性状经过精挑细选。选择与大块连锁不平衡相关，具有相当大的潜力共同选择紧密相连的“搭便车等位基因”，影响与所选择的特征无关的性状，例如免疫功能，对动物的生产力和福利产生潜在影响。为了检验免疫相关基因中存在极端等位基因变异的假设，我们对商业肉鸡和蛋鸡的创始群体进行了测序。这些鸟类根据品种类型在基因上明显分离。每个基因组都包含大量候选无效突变、预测有害的蛋白质编码变体以及广泛的非编码多态性。我们将选定的肉鸡蛋鸡对进行交配，然后通过 F1 代的兄弟姐妹交配产生 F2 鸡群。尽管预计创始人的基因组序列中有害编码变异普遍存在，但仅在 15 只 F2 同胞中的一只中检测到近亲繁殖对生存和孵化后发育的明显有害影响。对孵化中的循环白细胞群没有影响。在选定的 F2 同胞中，我们对脾脏和分离的骨髓来源的巨噬细胞（有和没有脂多糖刺激）进行了 RNAseq 分析。结果证实了单个基因和基因组的表达存在巨大差异的预测。结果的网络分析确定了个体之间存在差异的共表达基因簇，并表明干扰素反应因子家族的巨噬细胞表达存在反式作用变异，该家族区分亲本肉鸡和蛋鸡并影响对脂多糖的整体反应。这项研究表明，近亲繁殖对免疫细胞基因表达的影响在转录水平上可能是巨大的，并且可能开辟一条利用已知与所需表达水平相关的特定等位基因加速选择的途径。

关键字
鸡；基因组；近亲繁殖；等位基因特异性；转录组；巨噬细胞

期刊
遗传学前沿：第 10 卷

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